Mart Ots huvudsakliga forskningsintressen behandlar organisering och beslutsfattande inom marknadskommunikation, mediers varumärken och marknadsföring, samt svensk och internationell mediepolitik. Hans arbete har publicerats i ett flertal tidskrifter och böcker. 2009 fick artikeln "Who is the customer in the 'customer value'? Inherent problems in the marketing of advertising media" pris för bästa forskningsartikel av European Media Management Association.
Nuvarande forskningsprojekt studerar marknadskommunikationsinvesteringar i detaljhandeln och är finansierat av Handelns Utvecklingsråd (2010-2012).
Mart Ots arbetar vid avdelningen för Medie- och kommunikationsvetenskap sedan juni 2010. Han disputerade samma år vid Internationella Handelshögskolan i Jönköping med avhandlingen "Understanding value formation". Studien följde planeringen och produktionen av ICA:s marknadskommunikation - hur marknadsförare, reklam- och mediebyråkonsulter och reklammedieproducenter, tolkar kommunikationsarbetets syfte och värdet av kommunikationens effekter.
Mart var gästforskare vid Fordham University i New York 2007, vid Michigan State University i East Lansing 2008, samt vid Northwestern University i Chicago 2009. Innan sin akademiska karriär arbetade Mart under flera år med produktion och rådgivning inom marknadskommunikation och reklammedier.
Mart är ofta anlitad rådgivare och talare för offentliga institutioner, branschorganisationer och privata företag i frågor som rör mediepolitik och marknadskommunikation.